Die Petrikirche ist die kleinste und älteste der Stendaler Pfarrkirchen. Ihre erste urkundliche Erwähnung finden wir im Jahre 1285. Der älteste Zeuge für das Vorhandensein der Petrikirche ist aus Metall. 
Es ist ein Abendmahlskelch, der älteste in Stendal, mit der Stifterinschrift des Ratsherrn Johannes Gerdang, der nachweislich zwischen 1251 und 1272 in Stendal gewirkt hat. 

St. Petri war die Kirche der "kleinen Leute". 
Noch Ende des 19. Jahrhunderts hieß es von den Stendaler Gemeinden im Volksmund:
"Im Dom die Reichen - Marien desgleichen - Jacobi die Arm'n - Petri, dass sich Gott erbarm'". 
Von Bedeutung ist die Petrikirche auch deshalb, weil Stendals großer Sohn Johann Joachim Winckelmann am 12. Dezember 1717 in ihr getauft wurde.

Nach 1933 war die Petrikirche ein regionales Zentrum der "Bekennenden Kirche". Am 22. März 1936 fand in St. Petri eine "illegale" Ordination statt, bei der auch Dietrich Bonhoeffer anwesend war. 
Menschen aus der ganzen Altmark versammelten sich in großer Zahl am 22. September 1936 und nochmals am 2. Mai 1937, als Martin Niemöller in St. Petri predigte.

Im "heißen Herbst" 1989 traf man sich in St. Petri zum Friedensgebet. Die Kirche war der Ausgangspunkt der Montagsdemonstrationen, bevor diese wegen des großen Zulaufs in den Dom verlegt wurde.

Zum Gemeindebereich gehört auch das große Neubaugebiet "Stadtsee", mit dessen Bau 1971 begonnen wurde.